We wszystkich wioskach w Naruto, znajdują się klany, które posiadają zaawansowaną linię genetyczną. Są to jedyne w swoim rodzaju cechy, przekazywane z pokolenia na pokolenie. W niektórych klanach ta linia genetyczna jest rozdzielana. Jest tak w przypadku Hyuuga, mowa tutaj o Byakugan. Nie ma takiej możliwości, żeby obcy osobnik mógł stać się posiadaczem takich cech.

Wiele innych klanów zrobi wszystko co w ich mocy by stać się posiadaczem wyższych linii genetycznych, ponieważ z obecną technologią DNA może być użyte do dodania tej cechy normalnej osobie. Przykłady wyższych linii genetycznych zawierają Sharingan klanu Uchiha i Byakugan klanu Hyuuga. Każda wyższa linia genetyczna ulepsza określoną część lub części ciała, takie jak oczy czy szybkość.

Haku - jego klan nie jest znany - też miał zaawansowaną linię genetyczną, która również po części pozwalała wykonywać szybsze ruchy. Można też zauważyć, że zaawansowanej linii genetycznej nie można się nauczyć jak i skopiować. Dzięki temu nie zawsze do ataku można wykorzystywać Chakre. Byakugan bądź Sharingan będą w stanie widzieć ruchy, jednak że zaawansowana linia genetyczna nie zostanie skopiowana.

Byakugan - klan Hyuuga

Byakugan, którego dosłowne tłumaczenie brzmi: "Białe Oczy", jest specjalną techniką, która może być używana przez osoby posiadające zaawansowaną linię genetyczną, jak np. klan Hyuuga. Ta specjalna technika dotyczy wszystkiego związanego z oczyma użytkownika, zamieniając je w tzw. "Białe Oczy"

Byakugan bardzo rózni się od Sharinganu, w odróżnieniu od niego, Byakugan nie kopiuje ruchów, pomimo tego Byakugan może jednak być o wiele lepszą techniką (co podkreśla Kakashi).

Byakugan daje użytkownikowi wyjątkową i niszczycielską umiejętność widzenia przez prawię wszystko, jak również umiejętność odczytywania myśli przeciwnika z ruchu jego oczu.

Wraz z 2 wcześniej wymienionymi umiejętnościami, Byakugan posiada niesamowicie śmiertelną technikę widzenia wewnętrznego Centrum Chakry przeciwnika, oraz jest w stanie dokładnie zaatakować owe centrum. W przypadku Hyuuga Neijiego, jest on w stanie widzieć Tenketsu przeciwnika (punkty Chakry) i zaatakować je. To jest wielce nadzwyczajna umiejętność, jeśliby brać pod uwagę, że w całym ciele na Keirakukei (droga wylotu Chakry) jest 361 punktów, o wielkości główki od szpilki. Jeśli zostaną one trafione dokładnie, może to spowodować zatrzymanie przepływu Chakry.

Byakugan ma jeszcze inne zastosowanie: umożliwia użytkownikowi widzenie (prawie) wszystkiego dookoła niego (359 st. dookoła). W jednym punkcie - koło potylicy - jest ślepy. Oznacza to, że użytkownik Byakuganu nie może być zaatakowany z tyłu, chyba że atakujący porusza się z nadzwyczajną szybkością.
http://www.senpuu.net/fotki/blood/bya.gif


Sharingan - klan Uchiha

Sharingan jest specjalną zdolnością znajdującą się w źrenicy wybranych członków klanu Uchiha. Jest to charakterystyczna cecha źrenicy, która podobno wykształciła się z Byakuganu, używanego przez klan Hyuuga, a następnie ewoluowała z czasem. Byakugan jest również zaawansowaną linią genetyczną klanu Hyuuga i chociaż jest blisko spokrewniony z Sharinganem, jest o wiele silniejszy. Jest powiedziane, że możliwość, że pierwotne cechy klanu Uchiha pochodzą z klanu Hyuuga, co również tłumaczy sam fakt istnienia Sharinganu.

Sharingan, jak było wspomniane wcześniej, jest cechą charakterystyczną źrenicy, więc nie jest uważany za Ninjutsu. Pomimo, że zużywa Chakrę podczas używania, zaawansowana linia genetyczna nie wymaga formowania rękami odpowiedniej pieczęci; posiadacz tej umiejętności po prostu kumuluje trochę Chakry w swoich oczach, ujawniając Sharingan. Trzeba zaznaczyć, że ta umiejętność sama w sobie jest bezużyteczna, trzeba ją użyć w kombinacji z innymi technikami by jej działanie było efektowne. To znaczy, że Sharingan może być tylko używany przez tych, którzy posiadają obszerną paletę technik walki.

Sharingan ma wiele zastosowań, ale głównym zastosowaniem jest kopiowanie każdego Nin, Gen i Tai jutsu, wcześniej zaobserwowanego. Oznacza to, że im w większej ilości walk jest on użyty, tym więcej technik jest przyswajanych. W dodatku, Sharingan nie wymaga od użytkownika ochoty, czy pragnienia by nauczyć się jakiejś skopiowanej techniki. To jest pewnego rodzaju mechanizm obronny, który "włącza się", gdy rozpoczynany jest jakikolwiek atak. Innym zastosowaniem Sharingan'u jest patrzenie przez iluzję, np. Bunshiny, a nawet Kage Bunshin'y nie są najmniejszym problemem dla Sharinganu. Dzięki Sharingan'owi użytkownik widzi je jako źródła Chakry i tylko prawdziwy osobnik jest widziany normalnie. Jest również powiedziane, że Sharingan potrafi przewidzieć przyszłość, jednakże nie jest to prawdą, co wyjaśnił Zabuza. Wg niego Sharingan nie potrafi przewidzieć przyszłości, natomiast używa serii kroków, tworząc iluzję, dzięki której przeciwnikowi wydaje się, że posiadacz Sharingan'u potrafi przewidzieć przyszłość.

Ninja na początek posługuje się swoim wzrokiem, by przestraszyć przeciwnika, następnie używa bardzo sprytnego, hipnotycznego genjutsu, które tworzy iluzję, dzięki której przeciwnikowi wydaje się, że posiadacz Sharingana potrafi przewidzieć przyszłość. Potem przeciwnik jest już przerażony i próbuje kontratakować, wtedy też Sharingan kopiuje wszystkie ruchy, co następnie wygląda jakby posiadacz Sharingana potrafił przewidzieć ruchy przeciwnika, ponieważ wykonuje te same ruchy. Następnie poprzez hipnotyczne Genjutsu, Sharingan proponuje jutsu przeciwnikowi. W końcu, wiedząc jaka pieczęć będzie wykonana, znowu kopiuje wszystkie ruchy i tym samym przeraża przeciwnika jeszcze bardziej.

Przeciwko Sharinganowi praktycznie wszystkie techniki są bezużyteczne. Jakikolwiek, człowiek z zaawansowaną linią genetyczną lub osoba posługująca się technikami Taijutsu są największymi wrogami Sharingana. Większość ninja posługujących się Taijutsu zyskuję przewagę dzięki szybkości, tzn. że jeśli nawet Sharingan potrafi przejrzeć daną technikę, brakuje już czasu na reakcję, co czyni Sharingan bezużytecznym. Ma się to tak samo do użytkowników zaawansowanych linii genetycznych, którzy również zyskują przewagę dzięki szybkości, jednak w tym wypadku ninja posługujący się technikami Taijutsu jest trudniejszym przeciwnikiem, ze względu na brak Chakry i używania ręcznych pieczęci.

Ponieważ fizyczne ataki w większości nie wymagają Chakray, Sharingan nie jest w stanie przewidzieć ich zbyt dobrze. Co więcej, ponieważ Chakra jest zbędna, jak również zbędne jest używanie ręcznych pieczęci, tak więc to daje przeciwnikowi szansę natychmiastowego ataku, bez możliwości, by Sharingan skopiował ten ruch. Podsumowując Sharingan jest bezużyteczny przeciwko szybkości, ale za to jest efektywny przeciwko osobom posługującym się Ninjutsu.

Znane są 3 poziomy Sharingana:

http://www.senpuu.net/fotki/shar_lvl1.gifPoziom pierwszy - wstępny. Jest to pierwszy etap rozwoju sharingana. Takie źrenice mają shinobi klanu Uchiha zaraz po przebudzeniu tej zdolności i dopiero z czasem rozwijają się one do pełnego sharingana drugiego poziomu. Posiadają dwie "łezki" umieszczone naprzeciw siebie. Sharingan ten pozwala przede wszystkim dostrzegać zjawiska niewidoczne normalnym okiem - obiekty poruszające się z dużą szybkością, przepływ czakry, także w pewnym zakresie patrzenie poprzez przedmioty. Jeśli idzie o zdolność kopiowania, dotyczy ona praktycznie tylko taijutsu.

http://www.senpuu.net/fotki/shar_lvl2.gifPoziom drugi -podstawowy. Klasyczna, rozwinięta forma sharingana z trzema łezkami. Sharingan w tej postaci oprócz znanych z formy wstępnej zdolności postrzegania w znacznie szerszym zakresie od oczu zwykłych śmiertelników, pozwala kopiować praktycznie wszystkie techniki taijutsu, ninjutsu i genjutsu z wyjątkiem tych ograniczonych do więzów krwi. Umożliwia również w pewnym zakresie przewidywanie przyszłych ruchów przeciwnika. Ma również zastosowanie przy stosowaniu technik genjutsu.

http://www.senpuu.net/fotki/shar_lvl3.gifPoziom trzeci -kalejdoskop (mangekyou sharingan). Unikatowy, wysoki poziom rozwiniętego sharingana. Według podań, sposobem uzyskania tego sharingana jest zabójstwo najbliższego przyjaciela. Jedynym znanym shinobi, któremu udało się osiągnąć ten poziom jest Itachi Uchiha. W oparciu o mangekyou sharingana stworzył on dwie potężne techniki: Amaterasu (Bogini Słońca) oraz Tsukiyomi (Bogini Księżyca). Ta ostatnia polega na stworzeniu iluzorycznej rzeczywistości, w której prawa fizyki, czas, reguły, wydarzenia, obrazy są pod całkowitą kontrolą posiadacza kalejdoskopu, który więzi w takim, wykreowanym przez siebie świecie przeciwnika, mogąc poddawać go swoistemu "praniu mózgu". Amaterasu natomiast polega na stworzeniu czarnego ognia o potężnej, niszczycielskiej sile. Inne zastosowania mangekyou sharingana na razie wciąż pozostają nieznane.